Αρχικά τα ψάρια είχαν ταξινομηθεί σε μιά μόνο ομώνυμη τάξη με το λατινικό όνομα pisces. Σήμερα ταξινομούνται σε 4 ξεχωριστές τάξεις:
Αφετοχυώδη ή πλακόδερμα (aphetohyidean, ή aphetohyoidec, ή plakodermi)
Χονδριχθύες ή χονδριχθείς (chondrychtyes)
Ακτινοπτερύγιοι (actinopterygii)
Χοανιχθύες (ή χοανιχθείς) ή Οστεϊχθύες (ή οστεϊχθείς) (choanichtheyes)
Κάθε μιά από τις παραπάνω ομοταξίες περιλαμβάνει υπερτάξεις, με επιμέρους τάξεις και κάθε τάξη επιμέρους οικογένειες.
Δυστυχώς και η ταξινόμηση των ψαριών, όπως συμβαίνει και στα άλλα βασίλεια των ζώων και των φυτών δεν είναι ενιαία απ΄ όλους τους επιστήμονες που προτείνουν διαφορετικά συστήματα ταξινόμησης, (Κλαδιστική, Συστηματική ταξινόμηση). Περισσότερο οι διαφωνίες αφορούν τις ονομασίες των τάξεων ή σε δημιουργία νεότερων κ.λπ. και την επαναταξινόμηση σ΄ αυτές των διαφόρων ειδών. Τουλάχιστον όμως, (και ευτυχώς), δεν διαφωνούν και στο όνομα του κάθε είδους. Εύλογη όμως χαρακτηρίζεται η διαφωνία ειδικά στην ανακάλυψη σπανίων ψαριών, οι μελέτες των οποίων δίνουν νέα δεδομένα, και που η ανακατάταξη ομοίων ειδών να καθίσταται πλέον επιβεβλημένη.
